Igual es mucho más evidente de lo que pudiera parecer. El puro sentido común

Igual es mucho más evidente de lo que pudiera parecer. El puro sentido común nos dice que si variables, a priori, menos trascendentes que el origen "nativo" de la vid(P.e. los clones de la misma), tienen incidencia, el hecho de que sea totalmente autóctona, o empaltada-cruzada por fuerza ha de ser lo suficientemente importante para que la uva y por ende el vino, sea distinto.

El problema es el que comentamos, como haces una cata de dos vinos iguales(O al menos muy muy muy similares), como para aislar sola esa variable. Eso más o menos se puede hacer en edades de la viña, climas(cara norte o cara sur), terroir, clones de las uvas, levaduras autoctonas o no, o tipos de roble(O de crianza). Pq de todas esas opciones hay las suficientes como para encontrar un vino sino gemelo si al menos suficientemente similar para poder analizar cual es el resultado final de esa variable diferenciada.

Pero los vinos pie franco se pueden contar con los dedos de una mano. Luego las opciones de encontrar ese gemelo, son escasísimas.

P.D: Después esta el tema de que seguramente no afecta por igual a todas las variedades de uva. De hecho algunas de las variedades que se quedaron en la crisis de la filoxera eran aquellas que los empaltes de pie americano, o no funcionaban o eran muy problemáticos. 

Por cierto he encontrado un hilo muy interesante sobre el tema. 

https://www.verema.com/foros/enologia/temas/1127959-pie-franco