La pregunta da para escribir un libro, pero a grandes rasgos hay varios

La pregunta da para escribir un libro, pero a grandes rasgos hay varios aspectos de gran importancia que diferencian las tres subzonas.
La tres están en el valle del Ebro, que es en río que vertebra esta D.O. La Rioja baja tiene influencias principalmente mediterráneas, mientras que en las otras dos ya hay cierta influencia atlántica y en ciertas zonas incluso continental.
La otra gran diferencia está en los suelos. Aluviales de la terraza del Ebro en la Baja, arcillo calcáreos en la Alta con presencia de aluviales también y arcillo ferrosos en la Alavesa, estando situados los viñedos al pie de la Sierra de Cantabria.
La diferencia de altitud y de precipitación también marcan el climas de las diferentes zonas. Más altitud y humedad en la Alta y Alavesa.
Generalmente los vinos de Rioja son un cupage de la zona alta y baja. Dando La Rioja Alta vinos más frescos, de menos color, más acidez y algo menos de grado, conocidos antiguamente como tintos finos. Mientra que en la baja son vinos más cálidos, de más color, más alcohol y estructura.
También, en mi opinión, la idiosincracia, la tradición y la forma de trabajar ha sido distinta en cada zona, lo que también contribuye a dar su carácter y particularidad a los vinos.
Me dejare cosas en el tintero y me podría haber extendido más, pero a grandes rasgos espero haberte dado una visión de la zona.
Un saludo